株式交換・株式移転で持株会社をつくる税務｜適格要件、株主の課税、不動産を動かさない再編と銀行への説明

不動産法人が2社、3社と増えてくると、グループ内の資金移動、事業承継、株価評価の管理のために、持株会社（ホールディングス）をつくる検討が始まります。その代表的な方法が、株式交換と株式移転です。どちらも、子会社が持つ不動産を動かさずに、株式だけを持株会社の下に集める再編です。

この記事では、株式交換・株式移転で持株会社をつくる場合の税務（適格要件、株主の課税、非適格のときの時価評価）を中心に、組織再編の行為計算否認を示した最高裁判決、会計処理、銀行からの見え方を整理します。ホールディングス化の目的やメリット・注意点の全体像は不動産会社のホールディングス化で解説しています。

株式交換と株式移転の違い

会社分割や現物出資で持株会社に不動産を移すと、不動産取得税や登録免許税（所有権移転）が問題になります。株式交換・株式移転は株式だけを動かすため、子会社の不動産にこれらの税金はかかりません。賃貸物件を多く持つ不動産法人で、持株会社化の手段としてよく使われる理由です。

株主（オーナー）の課税

個人のオーナーが株式交換・株式移転で旧株を手放し、親会社の株式を受け取るとき、受け取るものが親会社の株式だけなら、旧株の譲渡はなかったものとみなされます（所得税法57条の4）。国税庁のタックスアンサー（No.1526 株式交換により株式を譲渡した場合の譲渡所得等の特例、No.1527 株式移転の場合）によると、次のとおりです。

• 株式以外の資産が交付されないこと（剰余金の配当や、反対株主の買取請求に基づく対価は除く）
• 1株未満の端数を金銭で受け取った部分は、端数の株式を譲渡したものとして課税される
• 交付を受けた株式の取得価額は、旧株の取得価額（取得費用を加算）を引き継ぐ
• 端数の金銭がなければ、確定申告は不要

この株主側の特例は、法人税の適格・非適格とは別に判定されます。つまり、法人税で非適格になっても、対価が株式だけならオーナーの譲渡益課税は生じません。

法人税：適格と非適格

適格要件の概要

法人税では、株式交換・株式移転が適格かどうかで、子会社（完全子法人）の資産の扱いが変わります。適格要件は、当事者の関係ごとに次のように整理されます。

国税庁が公表している事前照会の記載例（同一の者による支配関係のある法人間で行われる株式交換の適格判定）でも、支配関係の継続見込み、従業者の継続見込み、主要な事業の継続見込み、対価が株式のみであることを一つずつ確認する形が示されています。

オーナー1人が100％を持つ会社どうしの再編なら、完全支配関係の要件で判定することが多くなります。ただし、再編後に株式を売る、親族に贈与する、第三者の出資を受けるといった予定があると、継続見込みの要件を満たさなくなる可能性があります。事業承継の計画とあわせて判定する必要があります。

非適格になった場合

非適格の株式交換・株式移転では、完全子法人が持つ一定の資産（固定資産、土地等、有価証券など）を時価で評価し、評価益・評価損を益金・損金に計上します（法人税法62条の9）。帳簿価額が小さい資産など、一定のものは対象から除かれます。

不動産法人は、取得から時間がたった土地に大きな含み益があることが多く、非適格になると、現金の動きがないのに多額の法人税が生じるおそれがあります。賃貸建物は減価償却で帳簿価額が下がっているため、建物にも含み益があることがあります。

判例：組織再編の行為計算否認（最高裁平成28年2月29日判決）

• 事案：甲社が乙社の発行済株式の全部を買収して完全子会社とし、その後に吸収合併した。甲社の代表取締役社長は、買収の前に乙社の取締役副社長に就任しており、この就任によって、合併で乙社の多額の未処理欠損金額を甲社が引き継ぐための要件（特定役員の継続）を満たすとされていた
• 判断：法人税法132条の2の「法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるもの」とは、組織再編税制の規定を租税回避の手段として濫用して法人税の負担を減少させるものをいう。濫用の有無は、①通常は想定されない手順や方法、実態と乖離した形式など不自然なものか、②税負担の減少以外に合理的な事業目的などがあるか等を考慮して判断する。本件の副社長就任は、欠損金の全額活用を意図したもので、特定役員の実質を備えていたとはいえないなどとして、行為計算否認を認めた

この判決は合併の事案で、株式交換・株式移転そのものを扱ったものではありません。ただし、示された判断の枠組みは組織再編全般に関わるものです。持株会社化でも、事業上の目的（承継、資金管理、意思決定の整理など）を説明でき、手順が自然であることが重要です。適格要件を形式的に満たすことだけを目的にした手順は避けるべきです。

会計上の扱いと表示

企業会計は、一般に公正妥当と認められる会計基準（GAAP：Generally Accepted Accounting Principles）に従って処理します（会社法431条、法人税法22条4項）。株式交換・株式移転は、企業会計基準委員会の「企業結合に関する会計基準」と適用指針の対象です。

• オーナーが100％を持つ会社どうしの再編は、一般に共通支配下の取引として扱われ、資産・負債は時価に評価替えせず、適正な帳簿価額で引き継ぐ考え方になる
• 親会社の決算書には、子会社の不動産ではなく子会社株式が計上される。不動産の含み益や借入金は、親会社の単体決算書には直接現れない
• 子会社の決算書は、株主が変わるだけで、資産・負債の帳簿価額はそのまま

税務の適格・非適格と会計処理は別の判断です。非適格で税務上は時価評価をしても、会計上の帳簿価額が変わるとは限らず、税務と会計の差異（申告調整や税効果）の管理が必要になります。

銀行からの見え方

• グループ全体で見られる：銀行は持株会社の単体決算書だけでなく、子会社を含めたグループ全体の財務を見る。持株会社の資産が子会社株式だけでは評価しにくいため、グループ合算の資料を用意しておきたい。詳しくは銀行はグループ会社を合算して見るを参照
• 既存借入れの約定：金銭消費貸借契約に、組織再編や株主の変更を銀行に通知・承諾を得る条項があることが多い。再編の前に、取引銀行すべてに説明しておく
• 保証の整理：子会社の借入れにオーナー個人の保証が付いている場合、持株会社による保証に切り替えるか、そのままにするかは銀行との交渉事項
• 格付けの指標：著書のモデルでは、安全性・収益性・成長性・返済能力の各指標で格付けを見る。持株会社化そのものは収益力を変えないが、グループ内の配当・経営指導料の流れで、各社の利益や純資産の見え方は変わる

クレフティでは、不動産法人のホールディングス化を、税務の判定から銀行への説明まで一体で支援しています。

実務のチェックポイント

まとめ

• 株式交換は既存の会社を、株式移転は新設の会社を親会社にする方法。どちらも不動産を動かさないため、不動産取得税・登録免許税（不動産）はかからない
• 株主に親会社の株式だけが交付されれば、オーナーの譲渡益課税は生じない
• 法人税では、適格なら子会社の資産は帳簿価額のまま。非適格なら土地などの含み益に課税されるおそれがある
• 適格要件は、対価の要件と支配関係の継続見込みなど。承継計画とあわせて判定する
• 税負担の減少だけを目的とした不自然な再編は、行為計算否認の対象になりうる（最高裁平成28年2月29日判決）
• 持株会社化の後は、銀行はグループ全体で財務を見る。借入契約の約定と保証の整理を事前に確認する

持株会社化の方法の選択と、再編後の融資の組み立ては、不動産投資家向けサービスでご相談ください。