不動産会社や不動産投資家の消費税で、毎年のように判断が求められるのが、個別対応方式と一括比例配分方式の選択です。住宅の家賃や土地の売却代金は非課税のため、不動産事業では課税売上割合が95％を下回ることが珍しくありません。そうなると、仕入れの消費税を全額は控除できず、どちらの方式で計算するかで納税額が変わります。
この記事では、2つの方式の仕組みと課税売上割合の考え方を整理したうえで、国税不服審判所の裁決と最高裁判決から、選び方と区分のしかたで失敗しないためのポイントを確認します。
- 課税売上高5億円超、または課税売上割合95％未満なら、個別対応方式か一括比例配分方式で計算する
- 住宅家賃と土地の売却代金は非課税で、課税売上割合の分母に入る。土地を売った年は割合が大きく下がる
- 個別対応方式の用途区分は、課税仕入れを行った日の状況で、個々の課税仕入れごとに行う
- 一括比例配分方式は2年間の継続適用が必要。申告後に更正の請求で方式を変えることはできない
- 割合が実態を反映しないときは、税務署長の承認を受けて課税売上割合に準ずる割合を使える
2つの方式の仕組み
どんなときに使うか
その課税期間の課税売上高が5億円以下で、かつ課税売上割合が95％以上なら、仕入れの消費税は全額控除できます。どちらかを満たさないときは、個別対応方式か一括比例配分方式のいずれかで計算します（消費税法30条2項、国税庁タックスアンサーNo.6401）。課税期間が1年未満のときは、課税売上高を年換算して5億円を判定します。
計算のしかた
| 項目 | 個別対応方式 | 一括比例配分方式 |
|---|---|---|
| 計算式 | 課税対応＋共通対応×課税売上割合 | 課税仕入れ等の税額の合計×課税売上割合 |
| 前提 | 課税仕入れを課税対応・非課税対応・共通対応に区分 | 区分は不要 |
| 課税売上割合に準ずる割合 | 共通対応部分に使える（承認が必要） | 使えない |
| 方式の変更 | いつでも一括比例配分方式に変更可 | 2年間継続した後でなければ個別対応方式に変更できない |
たとえば、課税対応300万円・非課税対応100万円・共通対応200万円、課税売上割合40％なら、個別対応方式は300万円＋200万円×40％＝380万円、一括比例配分方式は600万円×40％＝240万円です。課税対応の仕入れが多い事業ほど、個別対応方式が有利になります。
なお、居住用賃貸建物に当たる建物の消費税は、この計算の前に、そもそも控除の対象から外されます（消費税法30条10項）。判定は居住用賃貸建物の判定実務をご覧ください。
課税売上割合の考え方
課税売上割合は、国内の資産の譲渡等の対価の合計（課税売上＋免税売上＋非課税売上）に占める、課税売上（免税売上を含む）の割合です（タックスアンサーNo.6405）。不動産事業でよく出てくる売上を整理すると、次のとおりです。
| 売上の種類 | 区分 | 課税売上割合への影響 |
|---|---|---|
| 店舗・事務所の家賃、駐車場（住宅付帯でないもの） | 課税 | 分子・分母に入る |
| 住宅の家賃（貸付期間1か月以上） | 非課税 | 分母だけに入り、割合を下げる |
| 建物の売却代金 | 課税 | 分子・分母に入る |
| 土地の売却代金 | 非課税 | 分母だけに入り、割合を大きく下げる |
| 受取利息 | 非課税 | 分母に入る |
| 有価証券・金銭債権の譲渡 | 非課税 | 譲渡対価の5％を分母に入れる |
土地付きの建物を売った年は、土地の代金が分母に入るため、課税売上割合が急に下がります。その年に大きな修繕や設備投資があると、控除できる額が大きく減ることになります。
用途区分の判定：いつ、何を単位に区分するか
取得した日の状況で判定する
個別対応方式の用途区分は、課税仕入れを行った日の状況で判定します（基本通達11-2-20）。転売目的で取得した建物でも、取得の時点で住宅として賃貸されていれば、転売（課税）と家賃（非課税）の両方に対応するため共通対応になります。
最高裁は令和5年3月6日、2つの事件でこの点を判断しました。エー・ディー・ワークス事件（令和4年（行ヒ）第10号）では、課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等の双方に対応する課税仕入れは、事業に関する事情等を問うことなく共通対応に当たるとし、事業者の意図にかかわらず共通対応だと判断しました（判決原文（PDF））。同日のムゲンエステート事件は、過少申告加算税の「正当な理由」が争点でした（ムゲンエステート事件の解説）。
国税不服審判所も、平成24年1月19日裁決（裁決の全文）で、住宅の貸付けなどに使われている建物を販売用として取得しても、用途区分は共通対応に当たると判断しています。
個々の課税仕入れごとに区分する
平成19年2月14日裁決（裁決事例集No.73・536頁、裁決の全文）は、信託受益権の形で不動産を取得した際の付随費用について、請求人が付随費用の総額を個々の資産の取得価額の比で按分して用途区分を集計していた事例です。審判所は、用途区分は個々の課税仕入れごとに判定する必要があり、総額を按分しただけでは区分が明らかにされているとはいえない、と判断しました。
一方で、平成13年12月21日裁決（裁決事例集No.62・462頁、裁決の全文）は、賃貸用建物の建築費の大部分を共通用と認識したうえで、使用面積割合で課税用と非課税用に区分した方法を、合理的な基準の一つとして認めています。共通の仕入れを合理的な基準で分けることと、個別に判定すべきものをまとめて按分することは、別の話だと理解しておきましょう。
方式の選択をめぐる裁決事例
平成7年4月18日裁決（裁決事例集No.49・554頁）：2年継続の起点
一括比例配分方式を選んだ事業者は、その課税期間の初日から2年を経過する日までに開始する各課税期間で継続適用した後でなければ、個別対応方式に変更できません（消費税法30条5項）。
この事例の請求人は、前々課税期間に一括比例配分方式で申告した後、課税売上割合が実は95％以上だったとして更正の請求をし、全額控除が認められていました。審判所は、その期は一括比例配分方式を適用していないことになるから、一括比例配分方式の適用開始は前課税期間であり、本件課税期間はまだ2年を経過していないとして、個別対応方式による計算を認めませんでした（裁決の全文）。
平成21年9月18日裁決（裁決事例集No.78・500頁）：更正の請求では変えられない
一括比例配分方式で確定申告をした後、更正の請求で個別対応方式に変更しようとした事例です。審判所は、納税者が一括比例配分方式を選択して申告した場合、更正の請求で個別対応方式に変更することはできないと判断しました（裁決の全文）。用途区分を明らかにしていれば、どちらが有利かは申告期限までに容易に判明する、という理由です。
なお、平成22年5月17日裁決（裁決事例集No.79）では、反対に個別対応方式を選んだ後、錯誤を理由に一括比例配分方式への変更を求めた主張も退けられています。方式の選択は申告の時点で確定する、と考えておく必要があります。
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不動産投資家向け税務・融資支援を見る課税売上割合に準ずる割合
課税売上割合が事業の実態を反映しないときは、所轄税務署長の承認を受けて、課税売上割合に準ずる割合を個別対応方式の共通対応部分に使えます（消費税法30条3項、タックスアンサーNo.6417）。使用人の数、従事日数、使用面積の割合など、共通対応の仕入れの性質に応じた合理的な割合である必要があり、事業の種類ごと、費用の種類ごと、事業場ごとに別の割合を使うこともできます。
注意点は次のとおりです。
- 適用したい課税期間の末日までに承認申請書を提出し、同日の翌日以後1か月を経過する日までに承認を受ければ、その課税期間から適用できる
- 全額控除できる「95％以上」かどうかは、準ずる割合ではなく本来の課税売上割合で判定する（国税庁質疑応答事例）
- 一括比例配分方式では使えない
たまたま土地を売った年の特例的な承認
国税庁の質疑応答事例「たまたま土地の譲渡があった場合の課税売上割合に準ずる割合の承認」では、土地の譲渡が単発で、譲渡がなかったとした場合に事業の実態に変動がないと認められる場合に限り、①前3年に含まれる課税期間の通算課税売上割合、②前課税期間の課税売上割合のいずれか低い割合で承認を与えて差し支えないとしています。「実態に変動がない」とは、営業の実態に変動がなく、過去3年間の課税売上割合の最高と最低の差が5％以内である場合とされています。承認を受けた翌課税期間には、不適用届出書の提出が求められます。
税務上の扱い：法人と個人の違い
| 項目 | 法人 | 個人 |
|---|---|---|
| 方式の選択・用途区分 | 同じ | 同じ |
| 課税期間 | 事業年度 | 暦年 |
| 控除できない消費税（税抜経理・経費分） | 全額を損金算入（交際費等に係る分は交際費等に加算） | 全額を必要経費に算入 |
| 控除できない消費税（税抜経理・資産分） | 課税売上割合80％以上、棚卸資産、一の資産20万円未満なら損金経理で損金算入。それ以外は繰延消費税額等として60か月で損金算入 | 同じ条件で必要経費に算入。それ以外は60か月で必要経費 |
| 税込経理 | 取得価額・経費に含まれる | 同じ |
控除対象外消費税額等の処理は国税庁タックスアンサーNo.6921に整理されています。課税売上割合が80％を下回ると、資産に係る分は繰延処理が中心になります。
会計上の表示と銀行からの見え方
決算書への出方
控除できない消費税は、経費に係るものは租税公課などとして販管費に、建物などの資産に係るものは取得価額や繰延消費税額等として資産に計上され、減価償却や償却を通じて費用になります。方式の選び方次第で、控除できない額が数百万円単位で変わり、その分だけ営業利益が動きます。
税務上は損金算入が認められるかが論点になる一方、決算書の表示区分（売上高か営業外収益か、販管費か特別損失か、資産計上か費用処理か）は、企業会計の基準（GAAP：一般に公正妥当と認められる会計基準）に沿って判断する必要があり、どの区分にできるかは取引の実態次第です。顧問税理士・会計の専門家と検討してください。
銀行が見るポイント
銀行の格付けで重視されるのは営業利益と経常利益、そして債務償還年数です。著書のモデルでは、債務償還年数を「（借入金−現預金）÷（経常利益＋減価償却費−法人税等）」で計算し、10年以内を健全の目安としています。
- 方式の選択を誤ると、控除できない消費税が増えて利益と現預金の両方が減る
- 更正処分を受けると、本税に加えて加算税・延滞税の負担も生じる。過年度分がまとめて出ると、決算書の説明が必要になる
- 土地の売却で割合が下がる年は、大規模修繕の時期との兼ね合いも検討する
銀行の評価の考え方は銀行格付けの考え方もご覧ください。
実務のチェックポイント
- 課税売上高は5億円以下か。課税売上割合は95％以上か（年換算・本来の割合で判定）
- 個別対応方式と一括比例配分方式の両方で試算したか
- 一括比例配分方式を選んでいる場合、2年継続の期間はいつまでか
- 用途区分は取得日の状況で、個々の課税仕入れごとに行っているか
- 土地の売却がある年は、課税売上割合に準ずる割合の承認申請を期末までに検討したか
- 帳簿に用途区分を記録し、共通対応の按分基準を説明できるか
まとめ
- 課税売上高5億円超または課税売上割合95％未満なら、個別対応方式か一括比例配分方式で計算する
- 住宅家賃と土地の売却代金は分母だけに入り、割合を下げる
- 用途区分は取得日の状況で個々の課税仕入れごとに。賃貸中の建物は転売目的でも共通対応（最高裁令和5年3月6日）
- 一括比例配分方式は2年継続。申告後に更正の請求で方式を変えることはできない
- 割合が実態に合わないときは、期末までに課税売上割合に準ずる割合の承認申請を
消費税の計算方式は、申告の時点でほぼ結果が決まります。クレフティでは不動産投資家向けサポートの中で、方式の試算から、融資を見据えた決算書づくりまでご相談をお受けしています。