「グループ会社を合併してスッキリさせたい」「事業の一部を分割して、売りやすい形にしたい」。事業承継やM&Aの準備では、合併や会社分割などの組織再編がよく使われます。
このとき必ず確認するのが組織再編の適格要件です。要件を満たす「適格組織再編」なら、資産を帳簿価額のまま移せるので、移転のときに税金がかかりません。満たさない「非適格組織再編」では、資産を時価で売ったものとして課税されます。同じ合併でも、要件一つで数千万円、数億円の税額の差が生じることがあります。
この記事では、適格要件の基本を、合併を中心に3つの類型で整理し、会社分割・株式交換・株式交付の注意点、判例・公表裁決、決算書と銀行の見え方まで解説します。
- 適格なら帳簿価額で引継ぎ（譲渡益課税なし）、非適格なら時価で譲渡したものとして課税される
- 適格の類型は、完全支配関係（100%）、支配関係（50%超）、共同事業の3つ。関係が薄いほど要件が増える
- 対価は原則として株式のみ。ただし合併法人が3分の2以上を持つ場合の少数株主への金銭交付などの例外がある
- 要件を満たしても、132条の2で否認された判例がある（ヤフー事件・IDCF事件）
- 再編後の売却や役員構成の予定まで含めて、再編の前に要件を確認する
適格と非適格で何が変わるのか
組織再編税制の基本的な考え方は、最高裁がヤフー事件の判決で整理したとおり、「移転する資産に対する支配が続いているなら、譲渡損益の計上を繰り延べ、従前の課税関係を続ける」というものです。
| 項目 | 適格組織再編 | 非適格組織再編 |
|---|---|---|
| 移転する資産・負債 | 帳簿価額で引継ぎ | 時価で譲渡したものとして譲渡損益を計上 |
| 移転する側（被合併法人など）の課税 | 譲渡益課税なし | 含み益に法人税等がかかる |
| 株主の課税（合併・分割型分割） | 原則としてみなし配当なし | みなし配当が生じることがある |
| 繰越欠損金 | 一定の制限のもとで引き継げる（合併） | 引き継げない |
| のれん（税務上） | 生じない | 資産調整勘定として5年（60か月）で損金算入されることがある |
不動産の含み益が大きい会社を合併する場合、非適格になると、合併の時点で含み益に課税されます。逆に、含み損のある資産を移すときは、非適格のほうが損失を計上できるという場面もあり、「常に適格が有利」とは限りません。
合併の適格要件：3つの類型
合併を例に、3つの類型ごとの要件を整理します（法人税法2条12号の8、法人税法施行令4条の3）。
| 要件 | 完全支配関係（100%） | 支配関係（50%超100%未満） | 共同事業を営むための合併 |
|---|---|---|---|
| 対価が株式のみ（金銭等不交付） | 必要 | 必要 | 必要 |
| 関係の継続見込み | 完全支配関係の継続 | 支配関係の継続 | － |
| 従業者引継要件（従業者のおおむね80%以上が引き続き従事） | 不要 | 必要 | 必要 |
| 事業継続要件（主要な事業が引き続き営まれる） | 不要 | 必要 | 必要 |
| 事業関連性要件 | 不要 | 不要 | 必要 |
| 事業規模要件（おおむね5倍以内）または特定役員引継要件 | 不要 | 不要 | どちらか必要 |
| 株式継続保有要件（支配株主がいる場合） | 不要 | 不要 | 必要 |
関係が薄くなるほど、要件が増える仕組みです。グループ内の再編は比較的やりやすい一方、グループ外の会社との合併（共同事業）では、事業の関連性や規模、役員の構成まで問われます。
対価要件の例外
対価は原則として合併法人（または一定の親法人）の株式のみですが、次のものは「株式以外の資産」に含めません。
- 剰余金の配当として交付される金銭（最終期の配当）
- 反対株主の株式買取請求に基づく対価
- 合併の直前に、合併法人が被合併法人の発行済株式の3分の2以上を持っている場合に、他の株主に交付する金銭など（平成29年度改正）
最後の例外により、少数株主に金銭を渡して締め出しつつ、適格合併とすることが可能になりました。株式交換でも同様の例外があり、全部取得条項付種類株式・株式併合・特別支配株主の株式売渡請求による完全子会社化（スクイーズアウト）も「株式交換等」として組織再編税制に組み込まれています。少数株主の整理は株式併合・特別支配株主の売渡請求で解説しています。
会社分割・株式交換・株式交付の注意点
会社分割
会社分割の要件は合併とほぼ同じですが、支配関係・共同事業の類型では、分割事業の主要な資産・負債が分割承継法人に移転することが加わります。また、分割の後に分割承継法人の株式を売る計画があると、支配関係の継続が見込まれず、非適格になることがあります。「事業を切り出してから売る」というM&Aでは、この点が最大の論点になります。
株式交換・株式移転
株式交換・株式移転では、完全子法人となる会社の資産は移転しませんが、非適格になると、完全子法人が持つ一定の資産について時価評価課税が行われます（法人税法62条の9）。持株会社をつくるための株式移転では、移転後も完全支配関係が続く見込みであることなどを確認します。
株式交付
株式交付は、令和3年3月に施行された会社法の制度で、自社の株式を対価にして他の会社を子会社化（50%超）する手続きです。税制上は、交付を受けた対価のうち株式交付親会社の株式が80%以上であるなどの要件を満たすと、株式を譲り渡した株主の譲渡益課税が繰り延べられます。なお、令和5年度改正で、株式交付の後に株式交付親会社が一定の同族会社に当たる場合は、この繰延べの対象外とされました。オーナー企業同士の統合で使う場合は特に注意が必要です。
M&A仲介役員・FAS出身の公認会計士の経験をもとに、株主構成の整理、株価算定、親族内承継、外部への売却とデューデリジェンスまで支援します。初回のご相談は無料です。
事業承継・M&A支援を見る判例・公表裁決から見る注意点
適格要件をめぐっては、要件を満たすか（文言の解釈）と、要件の満たし方が濫用に当たるか（132条の2）の両面で争われています。
| 事件・裁決 | 年月日 | 争点 | 結論 |
|---|---|---|---|
| IDCF事件（最高裁第二小法廷・平成27年（行ヒ）第177号） | 平成28年2月29日 | 新設分割の直後に新会社の株式を売却し、非適格分割として約100億円の資産調整勘定を計上したことが、132条の2により否認されるか | 否認を適法とし、上告を棄却 |
| ヤフー事件（最高裁第一小法廷・平成27年（行ヒ）第75号） | 平成28年2月29日 | 合併前の副社長就任で特定役員引継要件を満たし、欠損金を引き継いだことが否認されるか | 否認を適法とし、上告を棄却 |
| 東京地裁（平成28年（行ウ）第395号） | 令和2年3月11日 | 外国子会社への現物出資が、国内にある事業所に属する資産の移転として適格から除かれるか | 国内の事業所に属する資産の移転とはいえないとして、会社の請求の大部分を認容 |
| 国税不服審判所（裁決事例集No.66） | 平成15年12月5日 | 合併の際に株主に交付した合併交付金が、株式以外の資産に当たるか | 実質は最終期の配当として交付された金銭であるとして、適格合併と判断 |
IDCF事件：「あえて非適格にする」ことも否認された
判決によれば、データセンター事業の会社が新設分割で新会社を設立し、その直後に、新会社の株式を買収予定先に売却しました。分割の時点で株式の売却が計画されていたため、完全支配関係の継続が見込まれず非適格分割となり、新会社は、交付した株式の価額（115億円）と移転を受けた時価純資産（約14.7億円）の差額約100億円を資産調整勘定（税務上ののれん）として計上し、5年間で損金に算入しようとしました。
最高裁は、ヤフー事件と同じ判断枠組みにより、この一連の行為は組織再編税制を濫用して税負担を減らすものだとして、資産調整勘定はなかったものとする処分を適法としました。適格要件は「満たす」方向だけでなく、「外す」方向でも濫用が問われることを示した事件です。
東京地裁令和2年3月11日判決：要件の文言の解釈
内国法人が、外国の共同事業体の持分を英国の完全子会社に現物出資した事案です。外国法人への現物出資は、国内にある事業所に属する資産を移転する場合などは適格から除かれます。裁判所は、持分に係る事業用財産の管理の状況などを詳しく認定し、国内の事業所に属する資産とはいえないとして、適格現物出資に当たると判断しました。要件の該当性は、帳簿の勘定科目だけでなく、資産の実際の管理・運用の実態で判断されることがわかります（控訴審以降の経過は本記事では扱いません）。
平成15年12月5日裁決：合併交付金の性格
合併契約書に記載がなくても、合併交付金が支払われた経緯や株主の認識などから、実質的に最終期の配当であれば、株式以外の資産の交付には当たらないと判断されました。とはいえ、後で争いにならないよう、配当として交付する金銭は合併契約書や株主総会議事録に明記しておくべきです。
再編の前に確認すること
組織再編の適格判定は、「再編の時点」の状態だけでなく、再編後の見込みで判断される要件が多いのが特徴です。
- 再編後に株式を売る予定はないか：完全支配・支配関係の継続見込みに影響します
- 従業員と事業は引き継がれるか：従業者のおおむね80%以上、主要な事業の継続
- 役員構成：共同事業の類型で特定役員引継要件を使う場合、その就任に事業上の実態があるか
- 繰越欠損金と含み損：支配関係が5年以内なら別途の制限があります（M&Aと繰越欠損金）
- 株主の課税：非適格の合併・分割型分割では、株主にみなし配当が生じることがあります。個人株主の配当所得は総合課税で、所得によっては高い税率がかかります
- 不動産の移転コスト：合併と会社分割では登録免許税・不動産取得税の扱いが異なります（M&Aの印紙税・登録免許税・不動産取得税）
決算書と銀行の見え方
適格組織再編では資産・負債が帳簿価額のまま引き継がれるため、決算書の連続性が保たれ、銀行も再編前後の比較がしやすくなります。一方、非適格になると、譲渡益の課税で納税資金が必要になるうえ、資産の簿価が変わり、のれん（資産調整勘定）が計上されることもあります。
銀行は、合併後の会社を「新しい会社」として見直すことがあります。私の著書で紹介している銀行格付けモデルでも、安全性（自己資本比率など）や返済能力は合算後の決算書で再計算されます。赤字の会社を合併すれば、合算後の利益や純資産が下がり、格付けが下がることもあります。再編の前に、合算後の試算表で格付けへの影響を確認し、主要な取引銀行には事前に説明しておきましょう。持株会社化の方法は株式交換で資産管理会社をつくるも参考にしてください。
まとめ
- 適格組織再編は帳簿価額で引継ぎ、非適格は時価で譲渡として課税。常に適格が有利とは限らない
- 適格の類型は完全支配・支配・共同事業の3つ。関係が薄いほど、従業者・事業・役員・株式保有の要件が増える
- 対価は原則株式のみ。3分の2以上保有時の少数株主への金銭交付などの例外がある
- 要件を満たしても（あるいは外しても）、132条の2で否認された判例がある。事業上の目的と手順の自然さを記録に残す
- 再編後の売却予定や役員構成など、見込みで判断される要件を再編前に確認する
クレフティでは、合併・会社分割・株式交換などの組織再編について、適格要件の確認、税額と登録免許税などのコストの試算、再編後の決算書と銀行への説明まで、事業承継・M&A支援の中でご相談をお受けしています。初回のご相談は無料です。担当者がお話を伺い、その後は担当の公認会計士・税理士やコンサルタントが対応します。