「子会社に繰越欠損金がたまっている。親会社と合併すれば、親会社の利益と相殺できるのではないか」。グループ会社を持つオーナー経営者や、M&Aで会社を買った買い手から、よくいただくご相談です。
結論から言うと、合併で繰越欠損金を引き継げる場合と、引き継げない場合は、法人税法57条で細かく決まっています。合併の形（適格か非適格か）、親子関係がいつからか（支配関係5年）、事業の規模や役員の引継ぎ（みなし共同事業要件）によって答えが変わり、条文の要件を満たしていても否認された判例があります。
この記事では、M&A後の合併やグループ内の合併を考えている方に向けて、条文と国税庁の資料、判例・公表裁決をもとに、判断の手順を整理します。株式譲渡で買った会社の欠損金の扱い（欠損等法人の制限）はM&Aと繰越欠損金で解説しているので、ここでは「合併」に絞ってお話しします。
- 合併で被合併法人の欠損金を引き継げるのは適格合併のときだけ（法人税法57条2項）。非適格合併では引き継げない
- 親子・兄弟会社の合併では、支配関係が合併事業年度開始の日の5年前の日から続いているかがまず分かれ目（同条3項）
- 5年に満たなくても、みなし共同事業要件を満たせば引き継げる。満たさなければ、支配関係が生じる前の欠損金などが切り捨てられる
- 合併法人（存続会社）側の欠損金にも同じ趣旨の制限がある（同条4項）。「赤字会社を存続会社にする」逆さ合併も否認された裁決がある
- 5年要件を満たしていても、事業を移してから合併したTPR事件では132条の2で否認された。手順の自然さと事業上の目的が問われる
合併と繰越欠損金の基本：条文の構造
繰越欠損金そのもののルール
まず前提として、繰越欠損金のルールを確認します（国税庁タックスアンサー「No.5762 青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越控除」）。平成30年4月1日以後に開始した事業年度に生じた欠損金は10年間繰り越せます。控除できる上限は、中小法人等なら所得の全額、それ以外の法人は所得の50%です。中小法人等は資本金1億円以下の普通法人などですが、大法人の100%子法人等は除かれます。
合併の場面で気をつけたいのは、合併後の存続会社が中小法人等に当たるかです。たとえば大法人の100%子会社どうしを合併しても、存続会社は中小法人等にならず、引き継いだ欠損金も所得の50%までしか使えません。
合併に関係する3つの項
法人税法57条のうち、合併に関係するのは次の3つの項です（e-Gov法令検索「法人税法」）。
| 条文 | 何を定めているか | ひとことで言うと |
|---|---|---|
| 57条2項 | 適格合併の場合、被合併法人の合併前10年以内の事業年度に生じた未処理欠損金額を、合併法人の欠損金額とみなす | 適格合併なら、消える会社の欠損金を引き継げる |
| 57条3項 | 支配関係がある法人間の適格合併で、みなし共同事業要件にも、5年前の日からの支配関係の継続にも当たらない場合、支配関係事業年度前の欠損金などを引継ぎの対象から除く | 親子になって5年たっていなければ、親子になる前の欠損金は持ち込めない |
| 57条4項 | 同じ場合に、合併法人自身の欠損金のうち、支配関係事業年度前のものなどをないものとする | 存続会社の側の古い欠損金も使えなくなる |
ポイントは、3項・4項の制限が「支配関係がある法人の間の合併」にかかることです。もともと資本関係のない会社どうしが、共同で事業を行うための適格合併（共同事業要件を満たす合併）をする場合は、この制限は問題になりません。中小企業で現実に多いのは、M&Aで買った子会社を、しばらくして親会社に合併するケースや、オーナーが持つ兄弟会社どうしの合併で、どちらも支配関係のある法人間の合併に当たります。
ステップ1：その合併は適格合併か
最初の関門は、合併が税務上の適格合併に当たるかどうかです。適格合併でなければ、被合併法人の欠損金は引き継げません。資産も時価で譲渡したものとして、被合併法人に譲渡損益が生じます。
適格合併には、大きく分けて次の3つの類型があります（法人税法2条12号の8）。
| 類型 | 主な要件 |
|---|---|
| 完全支配関係（100%）がある法人間の合併 | 合併法人の株式以外の資産（金銭など）を交付しないこと、完全支配関係が継続する見込みであること |
| 支配関係（50%超）がある法人間の合併 | 上記に加え、被合併法人の従業者のおおむね80%以上が引き続き従事する見込み、主要な事業が引き続き営まれる見込み |
| 共同事業を行うための合併 | 事業の関連性、規模がおおむね5倍以内または特定役員の引継ぎ、従業者の引継ぎ、事業の継続、株式の継続保有など |
100%親子の合併は、比較的シンプルな要件で適格になります。一方、オーナー個人が2社の株式を持つ兄弟会社の合併では、合併後もオーナーが株式を持ち続ける見込みであることなど、支配関係の継続が要件に入ります。適格要件の詳しい中身と判例は組織再編の適格要件の基本にまとめています。
なお、被合併法人の欠損金を引き継ぐには、その欠損金が生じた事業年度に確定申告書を提出していることなどの要件も必要です（57条2項、法人税法施行令112条1項）。国税不服審判所の平成20年3月14日裁決（裁決事例集No.75）は、欠損金が生じた後に無申告の事業年度があり、後から申告書を出した事案で、「連続して確定申告書を提出している場合」に当たらないと判断しています。合併の前に、被合併法人の申告の履歴を必ず確認してください。
ステップ2：支配関係はいつから続いているか
「5年前の日」の数え方
適格合併に当たっても、合併法人と被合併法人の間に支配関係（50%超の株式の保有関係）があるときは、それがいつから続いているかを確認します。57条3項の基準日は、次のいずれか遅い日です。
- 合併法人の、合併の日を含む事業年度の開始の日の5年前の日
- 被合併法人の設立の日
- 合併法人の設立の日
この日から合併の日まで継続して支配関係があれば、3項の制限はかかりません。具体例で見てみます（数字は説明のための仮のものです）。
| 例 | 前提 | 判定 |
|---|---|---|
| A | 3月決算の親会社が、2026年10月1日に子会社を合併。子会社は2019年に買収 | 基準日は2021年4月1日。それ以前から支配関係が続いているので制限なし |
| B | 同じ親会社が、2023年に買収した子会社を2026年10月1日に合併 | 支配関係は基準日より後に生じている。みなし共同事業要件を満たさなければ制限あり |
| C | 親会社が2023年に新しく設立した子会社を、2026年10月1日に合併 | 設立の日から継続して支配関係があるので、原則として制限なし |
例Cのように、自社で設立した子会社なら5年たっていなくても原則として制限はかかりません。これは、設立以来グループの中で生じた欠損金は、外から持ち込んだものではないからです。
国税庁の質疑応答事例に見る判定
国税庁は、支配関係の継続について質疑応答事例を公表しています。
| 質疑応答事例 | 事案 | 回答 |
|---|---|---|
| 株式の保有関係が変更している場合の青色欠損金額の引継ぎ | 10年前の設立時からX社の100%子会社だったA社・B社が、X社とY社の合併でY社の子会社になった後、A社がB社を合併 | 親会社は変わったが、A社とB社の間の支配関係は設立時から続いているので、B社の欠損金はA社に引き継がれる |
| 被合併法人から引継ぎを受ける未処理欠損金額に係る制限の適用除外について | 10年前から100%子会社だったB社とC社が新設合併でE社を設立し、その後D社がE社を合併 | E社は設立から支配関係が続いており、E社を設立した合併の当事者とD社の支配関係も5年前の日以前からあるので、引継ぎは制限されない |
2つ目の事例は、新しく会社をつくって合併を2段階にしても、「設立の日から支配関係がある」という例外で5年要件を回り道できるとは限らない（施行令112条4項）ことにも触れています。
ステップ3：みなし共同事業要件と、時価純資産の特例
みなし共同事業要件
支配関係が5年に満たない場合でも、みなし共同事業要件を満たせば制限はかかりません。施行令112条3項は、次の①〜④すべて、または①と⑤を満たすことを求めています。
| 要件 | 内容 |
|---|---|
| ①事業関連性要件 | 被合併法人の主要な事業のいずれかと、合併法人の事業が相互に関連すること |
| ②事業規模要件 | 両事業の売上金額、従業者の数、または両法人の資本金の額などの規模の割合が、おおむね5倍を超えないこと |
| ③被合併事業の規模継続要件 | 被合併事業が支配関係発生時から合併直前まで継続し、その間の規模の変化がおおむね2倍を超えないこと |
| ④合併事業の規模継続要件 | 合併法人側の事業も同様に継続し、規模の変化がおおむね2倍を超えないこと |
| ⑤特定役員引継要件 | 双方の特定役員（社長、副社長、代表取締役、専務、常務など経営に従事している者）のいずれかが、合併後に合併法人の特定役員になる見込みであること。ただし、支配関係が生じた日より前からそれぞれの法人の役員等であった人に限る |
中小企業のM&Aでは、大きな買い手が小さな会社を買うことが多く、②の「5倍以内」を満たさないことがよくあります。その場合は⑤の特定役員引継要件が頼りになりますが、⑤は買収前から役員だった人であることが条件です。買収後に親会社の役員を子会社の副社長に送り込んでも、この要件は満たせません。後で紹介するヤフー事件は、まさにこの役員の就任が問題になった事件です。
時価純資産超過額がある場合の特例
みなし共同事業要件を満たせない場合でも、被合併法人に含み益があれば、制限される金額を小さくできる特例があります（施行令113条1項）。支配関係が生じた事業年度の前事業年度末の時価純資産価額が簿価純資産価額を超える額（時価純資産超過額）が、支配関係前の未処理欠損金額以上であれば、制限なしで引き継げます。超過額が欠損金に満たない場合は、その差額だけが制限の対象になります。
適用には申告書への明細の添付や、時価を算定した資料の保存が必要で、買収時の不動産鑑定や株価算定の資料が生きてくることがあります。なお、含み損のある資産を合併後に売ったときの損失（特定資産譲渡等損失額）にも別の制限があり（法人税法62条の7）、その計算について国税庁は質疑応答事例（簿価純資産超過額がある場合の特定資産譲渡等損失額から控除することができる金額等について）を公表しています。
M&A仲介役員・FAS出身の公認会計士の経験をもとに、株主構成の整理、株価算定、親族内承継、外部への売却とデューデリジェンスまで支援します。初回のご相談は無料です。
事業承継・M&A支援を見る合併法人側の制限と「逆さ合併」
存続会社の欠損金も制限される
「被合併法人の欠損金に制限があるなら、赤字の会社を存続会社にすればよい」と考える方もいます。しかし、57条4項は、合併法人自身の欠損金にも同じ趣旨の制限をかけています。支配関係法人との適格合併で、支配関係が5年前の日から続いておらず、みなし共同事業要件も満たさない場合、合併法人の支配関係事業年度前の欠損金などは、ないものとされます。
つまり、「欠損金のある会社を買い、その会社を存続会社にして自社の黒字事業を合併させる」という方法にも、同じ壁があるわけです。
逆さ合併を否認した公表裁決
組織再編税制ができる前の事案ですが、存続会社の選び方が問題になった公表裁決があります。
国税不服審判所の平成13年1月22日裁決（裁決事例集No.61 440頁）では、休業状態で繰越欠損金を抱えた同族会社が、同じ経営者の下で稼働していた黒字の会社を吸収合併し、合併と同時に商号を被合併法人の商号に変えていました。合併後に営まれていたのは被合併法人の事業だけで、経営者・従業員・設備も合併前と同じでした。
審判所は、通常であれば合併法人となる状況にない会社をあえて合併法人とした、いわゆる逆さ合併であり、経済的・合理的な理由は認められないとして、同族会社の行為計算否認（当時の法人税法132条）により、合併法人の繰越欠損金の損金算入を否認した処分を適法としました。
現在は、同じ発想の取引には57条4項の制限や132条の2がかかります。どちらを存続会社にするかは、許認可、取引先との契約、不動産の名義、従業員の雇用など、事業の実態から決めるべきもので、欠損金だけを理由に選ぶと後から説明に苦しみます。
要件を満たしても否認された判例
57条の要件をすべて満たしていても、組織再編成に係る行為計算否認（法人税法132条の2）で否認されることがあります。代表的な2つの判決を見ておきます。
| 事件 | 判決 | 問題になった点 | 結論 |
|---|---|---|---|
| ヤフー事件 | 最高裁 平成28年2月29日第一小法廷判決（平成27年（行ヒ）第75号） | 株式を全部取得した約1か月後に子会社を合併。買収前に、合併法人の社長が被合併法人の副社長に就任し、特定役員引継要件を満たしたとして欠損金を引き継いだ | 132条の2による否認は適法。上告棄却 |
| TPR事件 | 東京地裁 令和元年6月27日判決（平成28年（行ウ）第508号） | 長年の子会社を適格合併して欠損金を引き継いだが、合併直前に新会社を設立し、合併と同じ日に従業員・棚卸資産・設備の利用を新会社に移して事業を続けさせた | 132条の2による否認は適法。請求棄却 |
ヤフー事件：要件を満たすための役員就任
最高裁は、132条の2の「法人税の負担を不当に減少させる結果となると認められるもの」とは、組織再編税制の規定を租税回避の手段として濫用することにより法人税の負担を減少させるものをいうと示しました。そして、行為が通常は想定されない手順や方法によるものか、実態とかけ離れた形式を作出するものか、税負担の減少以外に合理的な理由となる事業目的があるかなどを考慮して判断するとしました。本件の副社長就任は、特定役員引継要件を形式的に満たすためのものだとして、否認を適法としています。
TPR事件：5年超の支配関係があっても否認
TPR事件で重要なのは、判決によれば、原告は平成14年に子会社の株式の3分の2を取得し、平成15年に完全子会社としており、合併の時点で支配関係は5年を超えて続いていた点です。原告は「5年超の支配関係があれば、欠損金の引継ぎに132条の2は適用されない」と主張しましたが、裁判所はこれを退けました。
そのうえで、合併の形をとりながら、実際には子会社の事業を新会社に引き継がせ、欠損金だけを親会社に持ってきたものであり、組織再編税制の趣旨から逸脱しているとして、否認を適法と判断しました。
この判決から読み取れるのは、「5年たっているから大丈夫」ではないということです。合併前後の事業の動き、合併の目的、手順の自然さを、検討資料や取締役会の議事録で説明できるようにしておきます。
決算書と銀行の見え方
会計上は「抱合せ株式消滅差損益」が出ることがある
親会社が子会社を合併すると、会計上は、親会社が持っていた子会社株式の帳簿価額と、受け入れる子会社の純資産との差額が、抱合せ株式消滅差損益として損益に出ることがあります。会計処理は、一般に公正妥当と認められる会計基準（GAAP：Generally Accepted Accounting Principles）に沿って行います。会社法431条も、株式会社の会計は一般に公正妥当と認められる企業会計の慣行に従うものとしています。中小企業でも、企業結合に関する会計基準と適用指針の考え方に沿って処理し、臨時的な損益として特別損益に表示されるのが一般的です。
一方、税務上は、適格合併であればこの差損益は課税所得に含まれません。会計と税務が大きく食い違うので、銀行には別表と会計の差を一枚にまとめた資料で説明すると話が早くなります。
銀行は「欠損金で減る税金」より「合併後の稼ぐ力」を見る
合併で欠損金を引き継げれば、しばらくは法人税の負担が減り、手元に残る資金が増えます。著書で紹介している債務償還年数（借入金−現預金）÷（経常利益＋減価償却費−法人税等）の計算でも、法人税等が少ない分だけ年数は短くなります。
ただし、銀行が格付けで重く見るのは、経常的な利益の力と純資産です。債務超過の子会社を合併すれば純資産はその分小さくなり、欠損金の効果は使い切れば終わります。合併後の貸借対照表と、欠損金を使い切った後の年数の両方を試算しておきましょう。
| 合併の前に確認すること | 確認する資料 |
|---|---|
| 適格合併に当たるか | 株主構成、合併対価、従業者・事業の引継ぎ見込み |
| 支配関係の発生日と基準日 | 株主名簿、株式取得の契約書、設立の登記 |
| 欠損金の発生年度と申告の連続性 | 過去10年分の申告書（別表七） |
| みなし共同事業要件・時価純資産の特例 | 売上・従業者数の推移、役員の就任時期、買収時の時価資料 |
| 合併の事業上の目的と手順 | 取締役会資料、合併前後の事業・人員の動き |
| 会計と銀行への影響 | 合併後の試算貸借対照表、資金繰り表 |
合併そのものの手続きや、株式譲渡との違いは合併と株式譲渡の違いで解説しています。不動産の売却益と欠損金の関係は繰越欠損金と不動産の売却益、債務超過の会社の銀行の見え方は債務超過とはもあわせてご覧ください。
まとめ
- 合併で欠損金を引き継げるのは適格合併だけ。被合併法人の申告の連続性も要件になる
- 支配関係がある法人間の合併では、合併事業年度開始の日の5年前の日（または設立の日）から支配関係が続いているかをまず確認する
- 5年に満たない場合は、みなし共同事業要件か時価純資産の特例で、引き継げる範囲を確認する。特定役員引継要件は、支配関係が生じる前から役員だった人に限られる
- 存続会社側の欠損金にも制限がある（57条4項）。欠損金を理由に存続会社を選ぶ逆さ合併は否認された裁決がある
- ヤフー事件・TPR事件のように、要件を満たしても132条の2で否認されることがある。事業上の目的と手順の自然さを記録に残す
クレフティでは、グループ内の合併やM&A後の合併について、欠損金を引き継げるかどうかの判定、合併の手順と時期の検討、合併後の決算書と銀行への説明資料の作成まで、事業承継・M&A支援の中でご相談をお受けしています。初回のご相談は無料です。担当者がお話を伺い、その後は担当の公認会計士・税理士やコンサルタントが対応します。