デューデリジェンス

税務DDで見られるポイント|過去の申告・源泉所得税・消費税と、裁決で否認された典型例

株式譲渡で会社を買うと、会社の法人格はそのまま残ります。つまり、過去の申告の誤りによる追徴税額や加算税も、会社とともに引き継ぐということです。売却後に税務調査が入り、数年分の追徴を受ければ、買い手が想定していた価格の前提は崩れます。

そのため、M&Aでは税務DD(税務デューデリジェンス)で、対象会社の過去の申告を確認します。この記事では、税務DDで見られる法人税・源泉所得税・消費税・繰越欠損金のポイントを、国税不服審判所の公表裁決と最高裁判決もあわせて整理します。

この記事の結論
  • 税務DDは、過去の申告の誤りによる追徴課税などの潜在的な税務リスクを把握するための調査(中小M&Aガイドライン)
  • 更正は原則5年(法人税の欠損金は10年、偽りその他不正は7年)まで可能。追徴には加算税と延滞税が加わる
  • よく問題になるのは、役員への経済的利益、外注費と給与の区分、消費税の仕入税額控除、繰越欠損金
  • 国税不服審判所は、外注費を給与とした裁決、役員の私的な費用を給与とした裁決などを公表している
  • 見つかった問題は、売却前の是正、価格の調整、表明保証・特別補償で手当てする

税務DDとは何か

中小企業庁の「中小M&Aガイドライン(第3版)」は、税務DDを、対象会社の企業価値に影響する潜在的な税務リスク(例えば、過去の申告内容の誤りによる追徴課税等)の把握等の観点から必要に応じて行うものと説明しています。実行に当たっては、依頼者と協議のうえ、調査対象範囲・対象年度・手法を決めます。一般的な調査手続として、ガイドラインは次のものを挙げています。

  • 対象会社の経営陣、顧問税理士等に対するインタビュー
  • 過去の税務申告書のレビュー
  • 過去の税務調査・税務訴訟等の把握
  • 過去の組織再編、資本取引等の税務処理の把握
  • 税務上の欠損金の使用可能性、各種税制の適用状況の把握

税務DDは、財務DDに一部含まれて行われることもあります。財務DDの内容は財務DDで見られるポイントをご覧ください。

なぜ株式譲渡では税務DDが重要なのか

何年さかのぼって課税されるのか

区分更正ができる期間(国税通則法70条)
原則法定申告期限から5年
法人税の欠損金額(純損失等の金額)に関する更正10年
偽りその他不正の行為により税額を免れた場合など7年

追徴には加算税が加わる

加算税割合(国税通則法65条・67条・68条)
過少申告加算税(調査を受けた後の修正申告・更正)10%(当初の申告税額と50万円のいずれか多い額を超える部分は15%)
不納付加算税(源泉所得税を期限までに納めなかった場合)10%
重加算税(隠蔽・仮装があった場合)過少申告・不納付に代えて35%、無申告に代えて40%

このほかに、納付が遅れた日数に応じて延滞税がかかります。株式譲渡では、これらの負担はすべて会社に生じ、結果として株主である買い手が負担することになります。加算税の詳しい仕組みは加算税の種類と割合でも解説しています。

税務DDで見られる主なポイント

税目よく確認される論点
法人税役員給与(過大な報酬、私的な費用の負担)、交際費、寄附金、関係者との取引価格、売上・費用の計上時期、在庫の評価
源泉所得税役員への経済的利益、外注費として払っている報酬の実態、非居住者への支払、退職金
消費税課税・非課税の区分、仕入税額控除の要件(帳簿と請求書等の保存)、届出(簡易課税・課税事業者の選択)の有無、給与に当たる支払の扱い
繰越欠損金発生年度と残高、使用期限、買収後に使えなくなる要件
その他印紙税、地方税、償却資産の申告、過去の組織再編の適格性

源泉所得税と消費税は「連動」して否認される

中小企業の税務DDで特に注意したいのが、外注費と給与の区分です。外注費として処理していた支払が、実態は雇用契約に基づく給与だと判断されると、次の3つの問題が同時に起こります。

  1. 会社に源泉所得税の徴収・納付義務があったことになり、不納付加算税がかかる
  2. 給与は消費税の課税仕入れに当たらないため、仕入税額控除が否認される
  3. 社会保険の加入の問題に波及することがある

役員の個人的な費用を会社が負担している場合も、役員への給与とされれば、法人税(損金不算入)と源泉所得税の両方に影響します。役員報酬と個人経費の論点は役員報酬・オーナー個人の経費の正常化で詳しく扱っています。

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裁決・判例で見る、典型的な否認の例

税務DDで見つかりやすい論点について、公表されている裁決・判例を紹介します(いずれも国税不服審判所ウェブサイト、裁判所ウェブサイトで内容を確認したもの)。

裁決・判決事案判断
国税不服審判所 平成12年2月29日裁決(裁決事例集No.59 372頁)マッサージ業の会社が、マッサージ師への支払を外注費として仕入税額控除支払は給与等に当たり、仕入税額控除は認められない。源泉所得税の納税告知も一部を除き適法
国税不服審判所 平成26年2月17日裁決弁当販売の会社が、百貨店で販売を行った販売員への支払を外注費として処理販売員は会社の指揮監督を受ける立場にあり、支払は給与等。課税仕入れに当たらず、源泉徴収義務がある。以前の調査で指摘がなかったことは加算税の「正当な理由」に当たらない
国税不服審判所 平成27年7月28日裁決代表者が青年会議所の会議に出席するための交通費・宿泊費・日当を、会社が旅費交通費として計上事業の遂行上必要な費用ではなく、代表者への給与。損金に算入できず、源泉所得税の納税告知も(一部取消し)
国税不服審判所 平成29年4月25日裁決代表取締役への役員給与が、同業類似法人の代表者の最高額を上回る最高額を超える部分は不相当に高額で損金不算入(類似法人の選定の一部誤りにより一部取消し)
最高裁第一小法廷 平成28年2月29日判決(平成27年(行ヒ)第75号、ヤフー事件)買収した会社を合併し、その多額の未処理欠損金を引き継ぐため、合併前に買収側の社長が対象会社の副社長に就任組織再編税制を濫用して法人税の負担を減少させるものとして、行為計算の否認(法人税法132条の2)を認めた

裁決から読み取れること

外注費の2つの裁決は、契約書の名目ではなく、指揮監督の有無、時間的な拘束、材料や用具の負担といった働き方の実態で判断していることを示しています。平成26年の裁決は、以前の税務調査で指摘がなかったという事情も、加算税を免れる理由にはならないとしました(国税不服審判所ウェブサイト)。売り手から「前回の調査で何も言われていない」と説明されても、それだけで安心はできません。

ヤフー事件の最高裁判決は、繰越欠損金を使う目的で組織再編の形を整えても、制度の濫用と評価されれば否認されることを示しました(裁判所ウェブサイト)。税務DDで見つかる典型的な問題と否認例は、税務DDで見つかる典型的な問題と裁決事例でさらに詳しく紹介します。

繰越欠損金は「使えるか」まで確認する

対象会社に繰越欠損金があると、買い手は「買収後の利益と相殺できる」と考えがちです。しかし、法人税法には、買収や合併の後に欠損金が使えなくなる規定があります。

  • 株主が変わって支配関係ができた後、一定の期間内に事業を大きく変えるなどの事由に当たると、欠損金の繰越しが認められなくなる(法人税法57条の2)
  • 合併で被合併法人の欠損金を引き継ぐ場合や、合併法人の欠損金を使う場合には、適格要件と、支配関係が生じてからの期間などによる制限がある(法人税法57条)

欠損金の残高だけでなく、買収後のスキームで使えるかどうかまで確認するのが税務DDの役割です。詳しくはM&Aと繰越欠損金の引継ぎ・制限をご覧ください。

見つかった問題への対応と、売り手の準備

問題の性質主な対応
誤りが明らかで金額も分かる売却前に修正申告などで是正。または価格から差し引く
判断が分かれ、金額が確定しない表明保証・特別補償の条項で手当て。代金の一部留保も検討
将来の調査で問題になり得る処理売却後の税務調査への協力と費用負担を契約で決める

税務署の調査の事前通知の前に自主的に修正申告をすれば、過少申告加算税はかかりません(延滞税はかかります)。売り手にとっては、売却前に自ら点検し、是正しておくことが、価格の減額や重い補償条項を避ける近道です。株式譲渡契約の条項は株式譲渡契約書に入れるべき税務リスクの条項、売却後の調査への対応は売却後に税務調査が来たらで扱います。

銀行から見ても、多額の修正申告や追徴は、決算書の信頼性と資金繰りの両方に響きます。買い手が買収資金を借りる場合、対象会社の税務リスクが整理されていることは、融資の説明の前提にもなります。日頃の備えは税務調査が来る会社・来ない会社もご覧ください。

まとめ

  • 株式譲渡では、過去の申告の誤りによる追徴税額と加算税も会社とともに引き継ぐ
  • 更正は原則5年(法人税の欠損金は10年、不正は7年)。加算税は10〜15%、不納付10%、重加算税35〜40%
  • 外注費と給与の区分は、源泉所得税と消費税の両方に連動して否認される。役員の私的な費用は給与とされる
  • 繰越欠損金は残高だけでなく、買収後に使えるかまで確認する
  • 見つかった問題は、売却前の是正、価格の調整、表明保証・特別補償で手当てする

クレフティには、M&Aの税務相談や税務DDを担当する税理士、大手FASや監査法人でDDを経験した公認会計士・税理士が在籍し、買い手の税務DDと、売り手の売却前の申告の点検をお受けしています。初回のご相談は無料で、担当者がお話を伺い、その後は担当の公認会計士・税理士が対応します。詳しくは事業承継・M&A支援をご覧ください。

よくある質問

税務DDでは、何年分の申告を調べるのですか?
依頼者と協議して決めますが、税務署が更正できる期間が目安になります。国税通則法70条により、更正は原則として法定申告期限から5年、法人税の欠損金額に関する更正は10年、偽りその他不正の行為があった場合は7年まで可能です。実務では、直近3〜5期分の申告書を中心に確認し、欠損金や組織再編があればさかのぼって確認します。
過去の税務調査で何も言われなかった処理なら、問題はないと考えてよいですか?
そうとは限りません。国税不服審判所の平成26年2月17日裁決は、以前の税務調査で販売員への支払について指摘がなかったとしても、それは加算税を免除する「正当な理由」には当たらないと判断しました。調査で指摘されなかったことは、その処理が正しいと認められたことを意味しません。
税務DDで問題が見つかったら、売却前に直しておくべきですか?
誤りが明らかなものは、売却前に修正申告などで是正するのが基本です。税務署の調査の事前通知の前に自主的に修正申告をすれば、過少申告加算税はかかりません(延滞税はかかります)。金額が確定しない論点は、価格の調整や、株式譲渡契約の表明保証・特別補償の条項で手当てします。

※本記事は2026年10月18日時点の法令・制度に基づく一般的な解説です。個別の状況により結論が異なるため、実行前に専門家へご相談ください。

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