会社を売るとき、株式を売るのがオーナー個人か、オーナーが持つ持株会社（ホールディングス）かで、税金と手元に残るお金の形が大きく変わります。個人が売れば譲渡益に20.315%の分離課税で、お金は個人の手元に入ります。持株会社が売れば法人税等がかかり、お金は会社に残ります。
「持株会社経由で売るほうが得」と聞くことがありますが、譲渡益の税率だけを比べれば、多くの場合は個人のほうが低くなります。それでも持株会社で売る意味があるのは、売却前の配当を使える場合や、売却代金を会社で再投資する場合です。この記事では、手取りと再投資の比較、売却前の持株会社化の注意点、関連する判例・裁決を整理します。
- 個人で売る：譲渡益に20.315%（大口の売却では追加負担の措置も確認）。お金は個人の手元に入る
- 持株会社で売る：譲渡益に法人税等（規模によりおおむね30%台）。お金は会社に残り、個人に取り出すときにもう一度課税される
- 持株会社が有利になり得るのは、①売却前に子会社から配当（益金不算入）を受けて譲渡益を減らせる、②代金を会社で再投資する、という場合
- 売却が決まってからの持株会社化は効果が限られる。適格株式移転なら取得価額を引き継ぐだけで、売却予定があると適格要件の問題もある。持株会社に株式を売る方法は、個人に課税が生じ、時価の2分の1未満ならみなし譲渡（最高裁令和2年3月24日判決）
個人で売る場合と持株会社で売る場合の基本
| 項目 | 個人で売る | 持株会社で売る |
|---|---|---|
| 売り手 | オーナー個人 | 持株会社（法人） |
| 譲渡益の課税 | 申告分離課税20.315% | 法人の所得として法人税・地方法人税・住民税・事業税 |
| 売却代金の行き先 | 個人の口座 | 持株会社の口座 |
| 売却前の配当 | 総合課税で不利なことが多い | 100%子会社からは原則全額が益金不算入 |
| 個人で使うとき | そのまま使える | 配当・役員報酬・退職金などで取り出し、そこでも課税 |
| 再投資 | 個人の資金で投資 | 会社の資金で投資（事業・不動産・有価証券など） |
個人の株式の譲渡益の税金は個人株主が株式を売ったときの税金で、持株会社が子会社株式を売るときの詳しい税務は持株会社（法人株主）が子会社株式を売る場合の税務で解説しています。株式の譲渡益が大きい場合は、令和9年分以後、特別控除額1億6,500万円・税率30%に見直される追加負担の措置（金融所得課税の強化とオーナーへの影響）も、個人で売る場合の比較に入れておく必要があります。
手取りの比較：取り出すか、会社で使うか
単純な比較
子会社（事業会社）の株式を5億円で売る場合を考えます。株式の取得価額はほぼゼロ、法人税等の実効税率を33%と仮定した概算です。
| 個人で売る | 持株会社で売る（売却前の配当なし） | |
|---|---|---|
| 譲渡益 | 5億円 | 5億円 |
| 譲渡益の税金 | 約1億158万円（20.315%） | 約1億6,500万円（33%と仮定） |
| 手元に残るお金 | 個人に約3億9,842万円 | 持株会社に約3億3,500万円 |
| 個人がすべて使うには | そのまま | 配当などで取り出し、さらに課税（配当なら最高税率帯で約49%） |
譲渡益の税率だけで比べると、個人で売るほうが有利です。持株会社に残ったお金を個人が配当で受け取れば、二重に課税されるため、差はさらに広がります。
売却前の配当を使う場合
持株会社が100%子会社から配当を受けると、その配当は原則として全額が益金不算入になります（法人税法23条）。子会社に事業に不要な現預金が2億円あるなら、売却前にその2億円を持株会社に配当し、残りの価値（3億円）で株式を売る、という形が考えられます。
| 持株会社で売る（売却前に2億円を配当） | |
|---|---|
| 子会社からの配当 | 2億円（益金不算入で課税なし） |
| 株式の譲渡代金 | 3億円 |
| 譲渡益の税金 | 約9,900万円（33%と仮定） |
| 持株会社に残るお金 | 約4億100万円 |
この場合、持株会社に残るお金は、個人で売った場合の手取り（約3億9,842万円）とほぼ同じ水準になります。ただし、令和2年度改正の子会社株式簿価減額特例により、支配関係のある子会社から株式の帳簿価額の10%を超える配当を受けると、株式の帳簿価額が減らされることがあります。子会社の設立から支配関係が生じるまで居住者や内国の普通法人などが90%以上を保有していた場合、支配関係が生じてから10年を超える場合、配当の合計が2,000万円以下の場合などは適用されないため、自分で設立した会社か、M&Aで買った会社かなどで結論が変わります。配当の検討は売却前の配当は得かでも解説しています。
再投資するなら法人に残す意味がある
売却代金を、新しい事業への投資、M&Aによる別の会社の買収、不動産の購入などに使うなら、会社の資金のまま使えることが持株会社のメリットです。個人で売って手取りを個人で投資する場合と比べ、投資の元手が会社に残るため、取り出すときの課税を先送りできます。
M&A仲介役員・FAS出身の公認会計士の経験をもとに、株主構成の整理、株価算定、親族内承継、外部への売却とデューデリジェンスまで支援します。初回のご相談は無料です。
事業承継・M&A支援を見る銀行から見た「売却後の持株会社」
売却後の持株会社は、まとまった現預金を持つ会社になります。銀行から見ると、自己資本が厚く、借入の返済能力の評価が高い会社です。著書のモデルでは、プロパー融資の目安を「正常先＋純資産1億円」としており、売却代金を持つ持株会社は、その目安を大きく超える財務を持つことになります。
その資金を元手に不動産を買うなら、自己資金を厚く入れ、残りを借入で調達することで、無理のない返済計画を組みやすくなります。ただし、売却後に本業の収益がなくなる場合は、銀行は賃料などの新しい収益源で返済できるかを見ます。持株会社の財務の見え方は純資産1億円を目指す財務や、資産管理会社の使い方はオーナー家の資産管理会社と事業会社の関係をご覧ください。
一方で、売却後の持株会社の株式は、オーナーの相続財産です。資産が現預金・有価証券・不動産中心になると、相続税の評価では株式等保有特定会社や純資産価額方式での評価が中心になりやすく、評価額が大きくなります。売却代金を会社に残すか個人に移すかは、相続の見通しまで含めて考える必要があります。
売却前に持株会社をつくる場合の注意点
すでに持株会社がある場合と、売却が見えてから持株会社をつくる場合では、話がまったく違います。後者には次のような論点があります。
株式移転で持株会社をつくる場合
株式移転（会社法772条）で持株会社を新設すると、オーナーは事業会社の株式の代わりに持株会社の株式を受け取ります。株主に持株会社の株式以外の資産が交付されなければ、株主には課税されません。ただし、適格株式移転の場合、持株会社が受け入れる事業会社株式の取得価額は、株主が50人未満ならもとの株主が持っていた株式の帳簿価額（取得価額）を引き継ぎます（法人税法施行令119条1項12号）。含み益は持株会社に移るだけで、その後に持株会社が売れば、その含み益に法人税等がかかります。
さらに、売却が予定されている段階での株式移転は、完全支配関係の継続見込みがなく、適格株式移転に当たらないおそれがあります。非適格の株式移転では、事業会社の一定の資産に時価評価課税が生じることがあり（法人税法62条の9）、持株会社側の株式の取得価額の扱いも変わります。売却直前の株式移転を、売却益への課税を実質的に避ける目的で使うと、組織再編の行為計算否認（法人税法132条の2）の対象にもなり得ます。適格・非適格のどちらになるかで結論が大きく変わるため、実行前に必ず税理士と確認してください。持株会社をつくる方法と手続は持株会社をつくって株主構成を整理するで解説しています。
持株会社に株式を売る場合：みなし譲渡と最高裁判決
オーナーが出資した新しい持株会社に、事業会社の株式を売る方法もあります。この場合、オーナー個人はその時点で株式の譲渡所得に課税されます。価格が時価の2分の1未満だと、時価で譲渡したものとみなされます（所得税法59条1項2号、所得税法施行令169条）。
| 判決・裁決 | 事案 | 判断 |
|---|---|---|
| 最高裁第三小法廷 令和2年3月24日判決（平成30年（行ヒ）第422号） | 非上場会社の代表取締役だった個人が、株式を配当還元方式による価額と同額で法人に譲渡 | 所得税法59条の時価は、譲渡人の会社への支配力の程度に応じた評価方法で判断すべき。買い手側の立場で配当還元方式とした原審を破棄・差戻し |
| 国税不服審判所 令和7年9月10日裁決 | 同族会社の株主が、訴訟上の和解で決めた価格で、親族が経営する関係法人に株式を譲渡 | 同族関係者間で成立した価格は時価とはいえず、譲渡直前の議決権で中心的な同族株主に当たるとして小会社として評価。時価の2分の1未満の譲渡に当たる |
| 国税不服審判所 平成11年2月8日裁決（裁決事例集No.57） | 法人が保有する関係会社の株式を、その会社の代表取締役に額面で譲渡 | 財産評価基本通達の例に準じた通常の取引価額より低いとして、差額を寄附金とした処分を相当とした |
最高裁判決を受けて、国税庁は所得税基本通達59-6を改正し、同族株主等に当たるかどうかを株式を譲渡した個人の譲渡直前の議決権の数で判定することを明記しています。オーナー（支配株主）が自分の持株会社に売るなら、配当還元方式のような低い評価は使えず、原則として支配株主としての評価が前提になります。
さらに、M&Aで第三者への売却価格がすでに決まっているなら、その直前に持株会社に売る価格がそれより低いと、時価との関係が問われやすくなります。高い価格で売れば、個人の譲渡益にその時点で20.315%がかかり、持株会社は借入などで代金を用意しなければなりません。売却が決まった後に、持株会社に一度売ってから第三者に売る形は、個人で直接売るのと税負担が大きく変わらず、手続とリスクだけが増えることが多いのです。
行為計算否認にも注意
持株会社と事業会社の取引は、同族会社の行為計算否認（法人税法132条、所得税法157条）の対象になり得ます。売却前の配当、株式の売買、資産の移転などを、税負担の減少以外の合理的な理由を説明できない形で組み合わせると、否認のリスクが高まります。M&A・組織再編の重要判例はM&A・組織再編の税務の重要判例でまとめて取り上げます。
どちらを選ぶかの判断ポイント
- すでに持株会社があるか（売却直前につくるのか）
- 持株会社の子会社株式の取得価額はいくらか（含み益はどれだけあるか）
- 子会社に事業に不要な現預金はあるか。売却前の配当で簿価減額特例の適用除外に当たるか
- 売却代金を個人で使うのか、会社で再投資するのか（事業・M&A・不動産）
- 個人で売る場合、追加負担の措置（令和9年分以後は1.65億円・30%）の対象になるか
- 売却後の持株会社の相続税評価と、相続人への引継ぎの方法
- 役員退職金との組合せ（個人で受け取る方法としては、配当より有利なことが多い）
退職金を組み合わせる場合の考え方は退職金と株式売却の税率の違いで試算しています。
まとめ
- 個人で売れば譲渡益に20.315%、持株会社で売れば法人税等がかかり、お金は会社に残る。譲渡益の税率だけなら個人が有利なことが多い
- 持株会社が有利になり得るのは、売却前の配当（益金不算入）で譲渡益を減らせる場合と、代金を会社で再投資する場合。簿価減額特例の適用除外を確認する
- 売却後の持株会社は財務が厚く、再投資の借入はしやすいが、相続税の評価は高くなりやすい
- 売却直前の持株会社化は効果が限られる。適格株式移転なら取得価額を引き継ぐだけで、売却予定があると適格要件の問題もある。持株会社に売れば個人に課税され、時価の2分の1未満ならみなし譲渡（最高裁令和2年3月24日判決）
個人で売るか、持株会社で売るかは、税率だけでなく、売却代金の使い道、銀行との関係、相続まで含めた設計の問題です。クレフティでは事業承継・M&A支援として、方法ごとの手取りと再投資の試算、持株会社の財務と融資の相談をお手伝いしています。初回のご相談は無料で、担当者がお話を伺います。