不動産賃貸業や不動産会社の税務調査は、扱う金額が大きく、一つの判断の違いが数年分の税額に影響するのが特徴です。建物の取得価額や耐用年数の誤りは、取得した年だけでなく、その後の毎年の減価償却費に影響します。
この記事では、国税庁が公表している税務調査の手続の説明を確認したうえで、不動産業で論点になりやすい項目を収入・取得・償却・修繕・管理会社・消費税に分けて整理し、公表裁決事例と、個人と法人の違い、銀行からの見え方まで解説します。目的は調査を避けることではなく、正しく処理し、根拠を説明できる状態にしておくことです。
- 実地調査は、原則として日時・場所・税目・期間・目的が事前に通知される。調査の理由は通知事項ではない
- 不動産業の論点は、収入の計上漏れ、土地建物の按分、中古建物の耐用年数、修繕費と資本的支出、同族の管理会社・家族への支払、家事按分、消費税の区分に集中しやすい
- 公表裁決では、中古建物の耐用年数は取得した年に見積もらなければ後から変えられない、キッチン・浴室の全面取替えは資本的支出、実態のない同族管理会社への管理料は必要経費にならないなどの判断が示されている
- 前回の調査で指摘されなかったことは、処理が正しいことの根拠にならない
- 修正申告は決算書・申告書の数字を変える。銀行への説明まで含めて、指摘を受けない処理と記録を日頃から整える
税務調査の流れ：国税庁が説明している手続
国税庁は「税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け）」で、調査の手続を説明しています（国税庁：税務調査手続に関するFAQ（一般納税者向け））。要点は次のとおりです。
| 段階 | 国税庁の説明（要旨） |
|---|---|
| 事前通知 | 実地の調査では、原則として、相当の時間的余裕を置いて電話などで、調査開始の日時・場所、税目・課税期間、調査の目的などを通知する。調査の理由は法令上の通知事項ではない |
| 税理士への通知 | 税務代理権限証書に同意の記載があれば、税理士への通知で足りる |
| 日時の変更 | 合理的な理由があれば、変更の協議を申し出ることができる |
| 事前通知のない調査 | 違法・不当な行為を容易にするおそれなどがあると認められる場合は、事前通知なしで行われることがある |
| 調査の終了 | 申告内容に誤りがあれば、調査結果の内容（誤りの内容、金額、理由）が説明され、修正申告などが勧奨される。修正申告をしない場合は更正が行われる |
調査では、帳簿や契約書、領収書のほか、預金通帳、賃貸借契約書、管理会社からの送金明細、工事の見積書・請求書などの提示を求められるのが一般的です。保存期間は領収書・帳簿の保存期間で確認してください。
不動産業で論点になりやすい項目
国税庁は、調査で何を重点的に確認するかを公表していません。以下は、不動産業の取引の性質と、公表されている裁決事例から、論点になりやすい項目を整理したものです。
収入：計上漏れ・計上時期
| 項目 | 論点 |
|---|---|
| 礼金・更新料 | 受け取った（受け取るべき）時の収入。前受処理のまま放置していないか |
| 返還不要の敷金・保証金 | 返還不要が確定した時の収入。償却敷金を退去時まで計上していないなど |
| 共益費・駐車場・自販機・看板・アンテナ | 家賃以外の収入の計上漏れ |
| 現金で受け取る家賃 | 領収書の控えと入金記録の照合 |
| 計上時期 | 個人は契約上の支払日、法人は発生主義が基本（家賃収入の計上時期） |
管理会社からの送金明細は、管理料などが差し引かれた後の金額です。総額の家賃収入と管理料を両建てで計上しているかも確認されます。
取得・償却：土地建物の按分、耐用年数
- 土地と建物の按分：建物の取得価額は減価償却費に直結します。売買契約書に内訳がない場合の按分方法は、裁決でもたびたび争われています（土地と建物の按分方法と争いになった裁決事例）
- 付随費用の扱い：仲介手数料、登記費用、不動産取得税などを取得価額に入れるか経費にするか（物件取得時の諸費用一覧）
- 中古建物の耐用年数：簡便法・見積法の適用が正しいか。用途（住宅用・店舗用など）と構造に合った耐用年数か
- 建物附属設備・構築物の区分：区分したことで耐用年数が短くなっている場合、その根拠となる見積書があるか
修繕：修繕費と資本的支出
大規模修繕、原状回復、設備交換、リノベーションは、金額が大きい割に判断が分かれやすい項目です。価値を高めたり耐久性を増したりする部分は資本的支出、通常の維持管理や原状回復の部分は修繕費、という基本に沿って、工事の内容が分かる見積書・写真を残しているかが問われます（修繕費と資本的支出の判断）。
管理会社・家族への支払
- 親族が役員の管理会社への管理料：実際に管理業務をしているか、料率は適正か（不動産管理会社方式と管理料率の争い）
- 家族への給与・専従者給与：勤務の実態、金額の相当性、個人なら事業的規模の要件（家族への給与が否認された事例）
- 家事関連費：自宅兼事務所、車両、通信費、旅費などの按分の根拠（自宅兼事務所・家事按分の考え方）
消費税
- 住宅家賃（非課税）と店舗・事務所家賃（課税）の区分
- 居住用賃貸建物の取得に係る仕入税額控除の制限
- 建物を売却したときの課税売上と、土地・建物の対価の区分
- 課税売上割合、個別対応方式の用途区分
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中古建物の耐用年数は、後から見積法に変えられない（平成25年12月17日裁決）
国税不服審判所 平成25年12月17日裁決は、不動産賃貸業の法人が、中古で取得した建物について、取得した事業年度以降は一律に法定耐用年数（39年）を使っていたところ、後の事業年度で見積法等による短い耐用年数に変更した事案です。
審判所は、耐用年数の適用等に関する取扱通達1-5-1の定めのとおり、中古資産の見積法等による耐用年数の算定は、取得して事業の用に供した最初の事業年度に限りでき、その年に算定しなかったときは後の事業年度で算定することはできないとして、変更を認めませんでした。関与税理士が「法定耐用年数なら税務署も指摘しない」として一律に39年を使っていたことも認定されています。
さらに、更正の請求に係る調査の担当職員が「変更できる」と誤った指導をしていた事実も認定されましたが、信義則に反する違法な処分とはいえないとされました（その誤った指導に基づく部分は、加算税や延滞税の面で一定の配慮がされています）。取得した年の判断がその後のすべての年に影響することを示す事例です。中古建物の耐用年数は中古建物の耐用年数（簡便法）と否認された事例でも解説しています。
キッチン・浴室の全面取替えは資本的支出（平成26年4月21日裁決）
国税不服審判所 平成26年4月21日裁決は、賃貸マンションの退去後に、台所の流し台をシステムキッチンに、浴室をユニットバスに取り替えた費用の全額を修繕費とした個人の事案です。
審判所は、既存の設備や壁・床の表面を全面的に撤去し、新しい設備に取り替えた工事は、部分的な補修・交換ではなく台所・浴室を新設したものであり、建物の価値を高め、耐久性を増すものとして、全額が資本的支出に当たると判断しました。システムキッチンやユニットバスは建物と物理的・機能的に一体であり、器具備品にも当たらないとされています。
一方で、取り壊した旧設備については、建物の取得価額を総床面積で割った単価に台所・浴室の床面積を掛けるという合理的な方法で取得価額相当額を算定し、除却損失として必要経費に算入することを認めています。否認された処理の裏側で、納税者に有利な損失が認められることもある、という点も実務上の示唆です。
実態のない同族管理会社への管理料は必要経費にならない（平成18年6月13日裁決）
国税不服審判所 平成18年6月13日裁決（裁決事例集No.71 205頁）は、不動産賃貸業を営む個人が、自ら代表取締役を務める管理会社に管理料を払い、必要経費に算入していた事案です。
貸アパートは一括借上げ会社が、賃貸マンションは別の管理会社が管理しており、駐車場や貸地も賃料は個人の口座に直接振り込まれていました。審判所は、現地確認や契約書の内容から、同族管理会社に管理業務を委託する客観的な必要性がなく、管理業務を履行したことを客観的に認める証拠もない（管理業務の記録も残していない）として、管理料を必要経費と認めませんでした。
管理会社方式を使う場合は、何の業務を、誰が、いつ行ったかを記録として残すことが前提になります。
3つの事例に共通すること
- 判断は、契約書や科目名ではなく、工事の内容、業務の実態、取得時の判断といった事実に基づいて行われている
- 「前回指摘されなかった」「税理士がそうしていた」は理由にならない
- 否認される場面でも、除却損のように正しく主張すれば認められるものがある
ほかの否認パターンは不動産をめぐる裁決事例・判例に学ぶ否認パターンで整理しています。
個人と法人で違う確認ポイント
| 項目 | 個人 | 法人 |
|---|---|---|
| 所得の区分 | 不動産所得・事業所得・譲渡所得の区分。物件売却は原則として譲渡所得 | 区分なし。売却損益も法人の損益 |
| 家族への支払 | 事業的規模でなければ専従者給与は使えない。生計を一にする親族への家賃・給与は原則必要経費にならない | 役員給与・使用人給与として、職務に見合う相当額か。役員給与は定期同額などの要件 |
| 家事関連費 | 業務部分を明らかに区分できるか | 役員の私的な支出が経費に混ざっていないか（役員給与・貸付金の問題になる） |
| 同族会社との取引 | 同族会社の行為計算の否認（所得税法157条）が問題になることがある | 同族会社の行為計算の否認（法人税法132条）、関係会社間の取引価格 |
| 減価償却 | 強制償却（償却費は毎年必ず計上） | 任意償却（償却限度額の範囲内で選択） |
法人の任意償却と銀行の見方は法人の任意償却と償却不足を銀行はどう見るかで解説しています。
会計上の扱いと、銀行からの見え方
修正申告は、決算書の数字を変える
調査で指摘を受けて修正申告をすると、税務上の所得が変わるだけでなく、会計上も過去の処理の誤りを正すことになります。中小企業では、前期以前の損益の修正は当期の決算書に反映するのが一般的で、その年の利益や表示区分に影響が出ます。追徴税額や加算税・延滞税は、そのまま資金の流出です。
銀行は「修正申告があった」こと自体も見る
| 指摘の内容 | 決算書・銀行評価への影響 |
|---|---|
| 修繕費が資本的支出とされた | 資産が増え利益も増えるが、追徴税額で現預金が減る。過去の決算書の利益が過小だったことになる |
| 耐用年数の誤り | 毎年の減価償却費と、償却前利益の見え方が変わる |
| 管理料・家族給与の否認 | 関係者への資金流出の妥当性を問われる |
| 架空経費・収入除外（重加算税） | 決算書の信頼そのものを失う。融資の継続にも影響し得る |
銀行は、決算書と申告書の数字を前提に格付けをします。著書のモデルでも、格付けは安全性・収益性・成長性・返済能力の数字から計算されます。数字の前提が崩れることが、追徴税額以上に大きな損失になり得ます。調査の結果を銀行にどう説明するかも、顧問税理士と相談しておくべき事項です。
実務のチェックポイント
| 区分 | チェック項目 |
|---|---|
| 収入 | 礼金・更新料・返還不要の敷金・共益費・駐車場・付帯収入をすべて計上しているか。管理会社の送金明細と総額で照合しているか |
| 取得 | 土地・建物の按分の根拠（契約書の内訳、固定資産税評価額など）を残しているか。付随費用の処理は一貫しているか |
| 償却 | 中古建物の耐用年数を取得した年に正しく算定したか。用途・構造は合っているか |
| 修繕 | 工事ごとに見積書・写真を保存し、修繕費・資本的支出・除却損を区分したか |
| 関係者への支払 | 管理会社・家族の業務記録、契約書、料率の根拠を残しているか |
| 家事按分 | 面積・使用時間・走行記録など、按分の根拠を示せるか |
| 消費税 | 住宅・非住宅の区分、居住用賃貸建物の判定、売却時の対価の区分を確認したか |
| 証憑 | 現金払いの記録、印紙、電子取引データの保存（現金払い・手渡しのリスク、電子帳簿保存法と不動産業） |
税務調査の選定の考え方は税務調査はどう選ばれるかもご覧ください。
まとめ
- 実地調査は原則として、日時・場所・税目・期間・目的が事前に通知される。調査の理由は通知事項ではない
- 不動産業の論点は、収入の計上漏れ、土地建物の按分、中古建物の耐用年数、修繕費と資本的支出、同族の管理会社・家族への支払、家事按分、消費税の区分に集中しやすい
- 公表裁決では、中古建物の耐用年数の事後変更、キッチン・浴室の全面取替え、実態のない同族管理会社への管理料が否認されている。一方で、除却損のように認められた主張もある
- 前回の調査で指摘されなかったことは根拠にならない。毎年、自分で根拠を確認する
- 修正申告は決算書の信頼にも影響する。指摘を受けない処理と記録を日頃から整えることが、融資を受け続けるための土台になる
税務調査の事前準備や、調査で指摘を受けた後の対応、銀行への説明は、早い段階で専門家に相談するほど選択肢が広がります。クレフティでは不動産投資家向けサポートの中で、日々の処理の見直しから税務調査の立会い、融資を見据えた決算書づくりまでご相談をお受けしています。